《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

邓肯（杰西·赫德 Jesse Head 配音）的爸爸是一个身高127英尺、名叫贝洛克的怪兽。他希望邓肯能够成为下一任"怪兽之王"，但是邓肯的妈妈却希望儿子能过上正常人的生活，完成高中学业。 邓肯的爸爸不断派遣手下对儿子的实力进行测试，而邓肯则需要运用自己的特殊能力——喷火和超强能量，来保护他的朋友和家人。一场人类与怪兽之间的战争由此展开。在此期间，邓肯面临着来自他父亲和母亲之间的不同的期望和压力，他被夹在两个世界之间，需要在保护自己的家人和朋友的同时，找到自己的身份和使命。